引起慢性腹泻的原因很多，多数是胃肠道炎症引起的。如果原发性疾病表现较为典型，则比较容易诊断，若原发性疾病表现不典型，往往比较容易误诊。其实其他一些疾病早期表现不典型，有时也可以表现为慢性腹泻。
甲亢：甲状腺机能亢进症患者由于肠道蠕动快，消化吸收不良而出现大便频繁甚至腹泻，大便一般呈糊状，含较多未消化食物。
溃病性结肠炎：起病可急可缓，症状轻重不等，腹泻是在炎症刺激下，肠蠕动增加所致，或腹泻与便秘交替，重者排便次数频繁。
糖尿病：糖尿病引起的腹泻与其导致的胃肠道植物神经病变有关。腹泻呈顽固性、间歇性，发作时间可为2天至几周；间歇性可为数周至数月，腹泻昼夜均可发生，约有5%的腹泻病人同时伴有脂肪泻(俗称油花样腹泻)。
肝癌：以腹泻为首发症状的肝癌并不常见。肝癌患者的肝脏解毒功能下降，肠黏膜在有害化学物质的刺激下产生肠毒素，促使肥大细胞增殖，释放组织胺，使肠黏膜变性水肿，对水分的重吸收减少，致使大量水分排入肠腔引起腹泻。
大肠癌：大肠癌多数伴有排便习惯改变，当肿瘤有糜烂、溃疡、坏死时，可表现为腹泻、血便和里急后重，尤其是肿瘤位于直肠者，主要表现为血便，排便次数增多，排便不畅等。
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